上海市公共卫生临床中心卢洪洲教授与转化医学国家重大科技基础设施（上海）陈赛娟院士领衔的联合攻关团队，对上海市公共卫生临床中心在2020年1月20日至2月25日期间收治的326例新型冠状病毒肺炎病人的临床症状、免疫检测、病毒学数据进行全面深度分析后发现，自2019年年底到今年年初，病原体可能已较为广泛地存在人群中。在疫情发生时华南海鲜市场并非最初的发生地，病原体很可能在更早的时候从共同的祖先的多个分支独立传播扩散，最终形成这次暴发。5月20日，《自然》杂志在线发表了该项研究成果。
研究团队高质量完成了112例新冠病毒基因组测序、组装和解析。从病毒基因组序列的进化树分析发现，新冠病毒主要有Clade I和Clade II两个分支。经研究确认，有华南海鲜市场接触史的6名患者均集中在Clade I分枝上，而Clade II患者则无该接触史。此结果提示，新冠肺炎疫情的发生并不局限于华南海鲜市场。
之后，研究团队通过对疫情暴发的不同时间阶段和不同区域患者的新冠病毒基因序列（截至2020年3月初）变异特征进行比较分析，从上海病例分离的病毒基因组中识别了169个碱基改变，其重复出现的突变与已公布的病毒序列一致，呈现较为稳定的进化过程。该结果提示，新冠病毒可能在疫情早期就已适应在人类宿主中传播。
研究团队还发现，新冠病毒肺炎患者淋巴细胞明显减少，尤其是重症患者CD4+和CD8+ T淋巴细胞减少最为明显，淋巴细胞下降水平与疾病严重程度息息相关，且重症患者与炎性细胞因子血清白介素（IL-6和IL-8）水平明显升高有密切联系。这表明，新冠病毒肺炎疾病严重程度主要与患者年龄、基础疾病及淋巴细胞减少和相关的细胞因子风暴密切相关。依据上述临床资料分析采取早期针对性干预措施，将有助于阻止疾病的进展。
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